Китайська теорема дозволила винайти ДНК-судоку

05/07/2009

Учені з лабораторії Колд Спрінг Харбор розробили метод, який дозволяє одночасно визначати послідовність великого числа зразків ДНК. Нова технологія описана e прес-релізі лабораторії. Стаття авторів була винесена на обкладинку журналу Genome Research.

Завдання сучасних молекулярної біології і медицини вимагає швидкого визначення послідовності ДНК у величезній кількості зразків. Останніми роками розроблені для цієї мети прилади (їх називають секвенатори) "навчилися" одночасно визначати послідовність ДНК, узятої, наприклад, від декількох пацієнтів. Щоб розрізняти індивідуальні зразки, перед тим, як визначати їх послідовність за допомогою секвенатора, учені прикріплюють до них короткі нуклеотидні "хвостики". Для кожного індивідуального зразка він свій. Аналізуючи результати секвенування, вчені дізнаються послідовності кожного пацієнта саме за цими "хвостиками".

Описана технологія дозволяє працювати одночасно з десятком зразків. Враховуючи темпи розвитку науки і складність досліджень, що проводяться, це дуже небагато. за словами учених з Колд Спрінг Харбор, розроблений ними метод дозволить одночасно працювати з сотнями тисяч послідовностей ДНК. Метод заснований на китайській теоремі про залишки і отримав назву ДНК-судоку.

Замість того, щоб чіпляти "хвостики" до індивідуальних послідовностей, автори пропонують спочатку розділити все наявні зразки на декілька груп за певною схемою. Всі послідовності, що належать, наприклад, групі А, маркуються "хвостиком" а, групі В - "хвостиком" b і так далі. У секвенатор поміщаються зразки зі всіх груп. Отримавши результат секвенування, вчені, використовуючи теорему про залишки і "хвостики", можуть однозначно визначити індивідуальні зразки у кожній групі. Дослідники ніби "заповнюють" клітинки головоломки судоку (групи) цифрами (індивідуальні зразки).

Наразі метод найкраще всього працює для не дуже довгих послідовностей ДНК. З його допомогою можна, наприклад, визначати, чи є у пацієнта певна мутація. У перспективі учені планують застосовувати свою технологію для одночасного визначення послідовності довгих ділянок генома.

Повернутися до списку публікацій



Останні новини

Статті

Попередні публікації